Problem mit mod-rewrite=true & 404=true

[yhs]

Hallo,
wenn mod_rewrite und 404 aktiviert sind funktionieren zwar die SEO Urls aber die Links wie Warenkorb, Kasse oder Slaves funktionieren dann nicht mehr.
Nur wenn 404=false geschaltet ist funktioniert alles einwandfrei.

Die .htaccess (644) im root sieht wie folgt aus:
...
DirectoryIndex index.php

AddDefaultCharset utf-8

RewriteEngine on
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/media/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/extAdmin/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/skin/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/js/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-l

RewriteRule .* index.php

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domain.de [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.domain.de$1 [L,R=301]
...

mod-rewrite ist auf dem Server aktiv.

Hat jemand eine Idee wieso es zu dem Fehler kommt wenn 404 auf true steht?

Danke im Voraus für Eure Hilfe