Also bei mir läufts im IE 9 normal. Wenn ich in den Kompatibiliätsmodus umschalte, ist der Header verschoben. Riecht nach fehlerhaftem CSS-Stylesheet. Musst du mal überprüfen (Stichwort: Box Modell, z.B.
SELFHTML: Stylesheets / CSS-Formate definieren / Das CSS Box-Modell)